• Москва
    -1° - 1°
USD ЦБ 64.2 EUR ЦБ 70.67

13.11.2019 08:30
Цены на еду стали главной тревогой большинства россиян В третьем квартале 2019 года большинство россиян переживают из-за увеличения стоимости продуктов, а также из-за состояния экономики в целом.

13.11.2019 08:30
Цены на еду стали главной тревогой большинства россиян В третьем квартале 2019 года большинство россиян п
11.11.2019 09:16
Владимир Путин призвал чиновников учиться работать с искусственным интеллектом Умение работать с искусственным интеллектом должно
08.11.2019 10:31
Более трети россиян крайне против снижения нештрафуемого порога скорости Более трети россиян категорически против обсуждающ
06.11.2019 11:51

Новосибирские ученые знают, как повысить эффективность анализа геномных экспериментов

НИА-Федерация

Биоинформатики Новосибирского государственного университета, ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» и университета им. Мартина Лютера (Германия) создали уникальный программный комплекс, который позволит повысить эффективность анализа дорогостоящих геномных экспериментов, сообщается на официальном портале НГУ.

Как объяснили исследователи, данный комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся мотивов — участков, на которые «садятся» белки, управляющие считыванием закодированной в молекуле ДНК информации. Расположенные рядом мотивы, как правило, функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе анализа последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах.

Работа по созданию уникального программного комплекса заняла около двух лет, сообщает «НИА Новосибирск». 

Разработка позволяет получить гораздо более детальные сведения о регуляторной роли белка на основе эксперимента по массовому секвенированию его сайтов связывания. Если ранее для заданного белка, специфично регулирующего экспрессию генов, аналогичные подходы находили с высокой достоверностью его 3-5 партнеров-белков, то с помощью новой разработки учнееы находят 10-15.

Миллионы клеток организма синтезируют белки, которые непрерывно работают: переносят кислород, защищают от вторжения чужеродных агентов, сокращают и расслабляют мышечные волокна и выполняют массу других функций. Сведения о том, где и когда должны выполняться эти действия, зашифрованы в молекуле ДНК, причем информация записана при помощи всего четырех «букв» — нуклеотидов. Нуклеотиды объединяются в «слова» — гены, и каждый ген несет в себе сведения о белке, который может с него синтезироваться. Структуру и функцию клетки определяет уникальная комбинация белков, и какой ей быть «решают» регуляторные элементы ДНК. Их структурные единицы: короткие последовательности «букв»-нуклеотидов или мотивы — опознаются белками-регуляторами (транскрипционными факторами), что приводит к запуску или, наоборот, блокированию процесса считывания генетической информации.

Чтобы найти все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, используется дорогостоящий эксперимент, который называется ChIP-seq. Важно, что белки-регуляторы никогда не работают в одиночку: активность и специфичность каждого модулируется многочисленными партнерскими белками-регуляторами, и результат работы мотива зачастую определяется именно этими взаимодействиями. Поиск же потенциальных партнеров, как правило, сопряжен с проведением дополнительных ChIP-seq экспериментов, что многократно повышает стоимость исследования. Именно эту проблему с успехом решает новый программный комплекс.

Новосибирские ученые получили патент на свою программу, она готова к практическому применению. В последние несколько лет появились и продолжают пополняться открытые базы, насчитывающие уже несколько десятков тысяч ChIP-seq экспериментов для разнообразных типов тканей, клеток и для разных белков-регуляторов. Алгоритм сибирских ученых может использоваться для поиска новых партнеров уже известных белков-регуляторов, ключевых для выполнения важных физиологических функций организма, например, иммунного ответа.

Работа выполнялась при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований.



Важнейшие новости регионов за 14.11.2019

14.11.2019 09:21 / Кузбасс с рабочим визитом посетил заместитель генерального прокурора РФ Николай Шишкин
НИА-Кузбасс
14.11.2019 09:18 / Горнолыжный сезон в Братске начнется раньше
НИА-Байкал
14.11.2019 09:14 / В Братске подвели итоги городского конкурса «Спасибо, доктор!»
НИА-Байкал
14.11.2019 09:13 / Фанпарк «Бобровый лог» и Красноярские Столбы – самые фотографируемые места
НИА-Красноярск
14.11.2019 09:09 / Преподаватель из Алтайского края завоевала серебряную медаль на Первом чемпионате России по педагогическому мастерству
НИА-Алтай
14.11.2019 09:08 / Расходы на развитие системы образования в Красноярском крае в 2020 году составит 64 млрд рублей
НИА-Красноярск
14.11.2019 09:08 / В рамках национального проекта «Культура» в Иркутскую область поступят 58 пианино
НИА-Байкал
14.11.2019 09:07 / В Алтайском крае в 2019 году около 2,5 тысячи человек пройдут профессиональную переподготовку в рамках нацпроектов
НИА-Алтай
14.11.2019 09:01 / Советник заместителя Председателя Совета Федерации РФ Бармин Ф.В и представители ТПП РФ примут участие в работе Первого Сибирского бизнес-форума «Цифровой глобус»
НИА-Кузбасс
14.11.2019 09:01 / Антон Алиханов: «Россельхозбанк – крупнейший кредитор аграрного сектора Калининградской области»
НИА-Калиниград
14.11.2019 09:00 / В Иркутске дали старт проекту «Смартфон для всех»
НИА-Байкал
14.11.2019 08:55 / На Апсатском разрезе СУЭК внедряют дополнительные природоохранные технологии.
НИА-Чита
14.11.2019 08:51 / Фонд жилищного строительства помогает получить субсидии по ипотеке многодетным семьям
НИА-Красноярск
14.11.2019 08:45 / Андрей Гурулев: «В данный момент ликвидируем последствия аварии на котельной в Дунаево»
НИА-Чита
14.11.2019 08:44 / Совещание по вопросам социально-экономического развития Калганского района прошло в селе Калга
НИА-Чита
14.11.2019 08:43 / Состоялись публичные слушания по проекту бюджета Забайкальского края на 2020 год и плановый период
НИА-Чита
14.11.2019 08:42 / Социальные объекты села Доно посетил губернатор Забайкальского края
НИА-Чита
14.11.2019 08:41 / Александр Осипов осмотрел новый ФАП в селе Доно
НИА-Чита
14.11.2019 08:40 / Современное оборудование для подготовки студентов появилось в Камчатском медицинском колледже
НИА-Камчатка
14.11.2019 08:40 / Александр Осипов посетил зерноток Доновского колхоза в Калганском районе
НИА-Чита
Еще 31 новостей за 14.11.2019