• Москва
    7° - 9°
USD ЦБ 70.75 EUR ЦБ 78.55

01.06.2020 05:27
День Парада Победы 24 июня объявлен нерабочим Президент России Владимир Путин объявил 24 июня выходным днем по случаю проведения парадов в честь 75-летия годовщины Победы в Великой Отечественной войне.

01.06.2020 05:27
День Парада Победы 24 июня объявлен нерабочим Президент России Владимир Путин объявил 24 июня вы
29.05.2020 08:40
Детский омбудсмен рассказала об уменьшении количества сирот в детдомах России на 11% В России число детей-сирот, проживающих в российск
27.05.2020 04:55
Безработица в России выросла до 5,8% Число безработных в России за апрель 2020 года уве
06.11.2019 11:51

Новосибирские ученые знают, как повысить эффективность анализа геномных экспериментов

НИА-Федерация

Биоинформатики Новосибирского государственного университета, ФИЦ «Институт цитологии и генетики СО РАН» и университета им. Мартина Лютера (Германия) создали уникальный программный комплекс, который позволит повысить эффективность анализа дорогостоящих геномных экспериментов, сообщается на официальном портале НГУ.

Как объяснили исследователи, данный комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся мотивов — участков, на которые «садятся» белки, управляющие считыванием закодированной в молекуле ДНК информации. Расположенные рядом мотивы, как правило, функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе анализа последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах.

Работа по созданию уникального программного комплекса заняла около двух лет, сообщает «НИА Новосибирск». 

Разработка позволяет получить гораздо более детальные сведения о регуляторной роли белка на основе эксперимента по массовому секвенированию его сайтов связывания. Если ранее для заданного белка, специфично регулирующего экспрессию генов, аналогичные подходы находили с высокой достоверностью его 3-5 партнеров-белков, то с помощью новой разработки учнееы находят 10-15.

Миллионы клеток организма синтезируют белки, которые непрерывно работают: переносят кислород, защищают от вторжения чужеродных агентов, сокращают и расслабляют мышечные волокна и выполняют массу других функций. Сведения о том, где и когда должны выполняться эти действия, зашифрованы в молекуле ДНК, причем информация записана при помощи всего четырех «букв» — нуклеотидов. Нуклеотиды объединяются в «слова» — гены, и каждый ген несет в себе сведения о белке, который может с него синтезироваться. Структуру и функцию клетки определяет уникальная комбинация белков, и какой ей быть «решают» регуляторные элементы ДНК. Их структурные единицы: короткие последовательности «букв»-нуклеотидов или мотивы — опознаются белками-регуляторами (транскрипционными факторами), что приводит к запуску или, наоборот, блокированию процесса считывания генетической информации.

Чтобы найти все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, используется дорогостоящий эксперимент, который называется ChIP-seq. Важно, что белки-регуляторы никогда не работают в одиночку: активность и специфичность каждого модулируется многочисленными партнерскими белками-регуляторами, и результат работы мотива зачастую определяется именно этими взаимодействиями. Поиск же потенциальных партнеров, как правило, сопряжен с проведением дополнительных ChIP-seq экспериментов, что многократно повышает стоимость исследования. Именно эту проблему с успехом решает новый программный комплекс.

Новосибирские ученые получили патент на свою программу, она готова к практическому применению. В последние несколько лет появились и продолжают пополняться открытые базы, насчитывающие уже несколько десятков тысяч ChIP-seq экспериментов для разнообразных типов тканей, клеток и для разных белков-регуляторов. Алгоритм сибирских ученых может использоваться для поиска новых партнеров уже известных белков-регуляторов, ключевых для выполнения важных физиологических функций организма, например, иммунного ответа.

Работа выполнялась при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований.



Важнейшие новости регионов за 01.06.2020

01.06.2020 15:09 / За неделю томичи перевели мошенникам 3,7 млн рублей
НИА-Томск
01.06.2020 15:07 / Еще 28 заболевших COVID-19 выявлено в Томской области 1 июня
НИА-Томск
01.06.2020 15:01 / ВТБ начал оформление кредитов для бизнеса под 2% годовых
НИА-Кузбасс
01.06.2020 14:53 / На 9 035 человек выросло число зараженных коронавирусом в России
НИА-Красноярск
01.06.2020 14:43 / Выплаты из бюджета получают более 9 тысяч многодетных томских семей
НИА-Томск
01.06.2020 14:42 / Впервые в Красноярском крае от коронавируса выздоровело больше пациентов, чем заболело
НИА-Красноярск
01.06.2020 14:41 / Директор нацпарка «Русская Арктика» познакомил ВРИО губрнатора Архангельской области с проектами развития туристического потенциала Арктики
НИА-Заполярье
01.06.2020 14:41 / Диетологи рассказали, сколько сладостей можно ребенку
НИА-Хакасия
01.06.2020 14:35 / Ежемесячные выплаты на первого ребенка получают 5,5 тыс томских семей
НИА-Томск
01.06.2020 14:31 / Студия этнической перкуссии «Этнобит» ИРНИТУ – участница мирового рекорда
НИА-Красноярск
01.06.2020 14:26 / Игорь Кобзев: Непростое решение о продлении ограничительных мер еще на две недели считаю правильным
НИА-Байкал
01.06.2020 14:24 / Ночью и утром в Иркутске ожидается небольшой дождь
НИА-Байкал
01.06.2020 14:22 / Бесконтактная среда на горном курорте
НИА-Красноярск
01.06.2020 14:21 / Бесконтактная среда на горном курорте
НИА-Севастополь
01.06.2020 14:20 / Движение транспорта по улице Улан-Баторская в Иркутске будет ограничено
НИА-Байкал
01.06.2020 14:19 / Бесконтактная среда на горном курорте
НИА-Калиниград
01.06.2020 14:18 / Кузбасские предприятия СУЭК продолжают цикл мероприятий в честь юбилея Великой Победы
НИА-Кузбасс
01.06.2020 14:18 / Бесконтактная среда на горном курорте
НИА-Кузбасс
01.06.2020 14:18 / В Калининградской области с начала года ввезено около 5 тысяч тонн орехов
НИА-Калиниград
01.06.2020 14:16 / Бесконтактная среда на горном курорте
НИА-Кавказ
Еще 188 новостей за 01.06.2020